Ο άγιος Κύριλλος γεννήθηκε περί το 375 (ή 380) στην Αλεξάνδρεια από πλούσιους γονείς της ελληνικής κοινωνίας της πόλεως. Διακρινόταν για την ευστροφία, την επιμονή, την ορμητικότητα και το ανυποχώρητο στις επιδιώξεις των σκοπών για τους οποίους αγωνιζόταν.
Τέθηκε υπό την προστασία του θείου του Θεοφίλου, αρχιεπισκόπου Αλεξανδρείας, ο οποίος του εξασφάλισε ολοκληρωμένη μόρφωση στην ρητορική και στην φιλοσοφία, πρωτίστως όμως στην Αγία Γραφή, την οποία ο Κύριλλος γνώριζε σχεδόν απ’ έξω και ήταν σε θέση να χρησιμοποιεί με θαυμαστό τρόπο. Φοίτησε στην Κατηχητική Σχολή και είχε δάσκαλο τον Δίδυμο τον Τυφλό.
Σε ηλικία περίπου 18 ετών, ο θείος του τον έστειλε στην έρημο της Νιτρίας για να συμπληρώσει την μόρφωσή του με την ασκητική επιστήμη. Εκεί ασκήτευσε για πέντε χρόνια στη Μονή του Αγίου Μακαρίου υπό την καθοδήγηση του γέροντος Σεραπίωνος. Ο ίδιος έλεγε ότι: «Εις χείρας πατέρων τεθράμμεθα ορθοδόξων και αγίων».